Kể từ khi thành lập năm 1992 cho đến nay, Bảo hiểm y tế đã qua ba lần thay đổi mô hình tổ chức, trong đó hai lần trực thuộc Bộ Y tế và lần thứ ba tách ra khỏi Bộ Y tế, sáp nhập với Tổ chức Bảo hiểm xã hội Việt Nam thành một đầu mối, quản lý theo hướng tập trung, thống nhất.